Sau năm 1954, huyện Hải Hậu có 39 xã: Hải An, Hải Anh, Hải Bắc, Hải Bình, Hải Cát, Hải Châu, Hải Chính, Hải Cường, Hải Đông, Hải Đường, Hải Giang, Hải Hà, Hải Hòa, Hải Hùng, Hải Hưng, Hải Lộc, Hải Long, Hải Lý, Hải Minh, Hải Nam, Hải Ninh, Hải Phong, Hải Phú, Hải Phúc, Hải Phương, Hải Quang, Hải Sơn, Hải Tân, Hải Tây, Hải Thắng, Hải Thanh, Hải Thành, Hải Thịnh, Hải Tiến, Hải Toàn, Hải Triều, Hải Trung, Hải Vân, Hải Xuân.

Năm 1958, thành lập thị trấn Cồn trên cơ sở một phần diện tích tự nhiên và dân số các xã Hải Tiến, Hải Tân và Hải Lý. Đây là thị trấn được thành lập đầu tiên tại Nam Định.

Ngày 29 tháng 1 năm 1966, sáp nhập một phần diện tích và dân số của xã Hải Lộc vào xã Hải Đông.[4]

Ngày 26 tháng 3 năm 1968, sáp nhập 7 xã: Trực Thái, Trực Phú, Trực Đại, Trực Hùng, Trực Cường, Trực Tiến và Trực Thắng của huyện Trực Ninh vào huyện Hải Hậu.[5]

Ngày 28 tháng 8 năm 1971, sáp nhập xã Hải Bình vào xã Hải Minh.

Ngày 18 tháng 12 năm 1976, sáp nhập xã Hải Tiến vào thị trấn Cồn; hợp nhất xã Hải Đường và xã Hải Cát thành một xã lấy tên là xã Hải Đường; hợp nhất xã Hải Trung và xã Hải Thành thành một xã lấy tên là xã Hải Trung; hợp nhất xã Trực Đại và xã Trực Tiến thành một xã lấy tên là xã Trực Đại.

Ngày 27 tháng 6 năm 1977, hợp nhất xã Hải Hưng và xã Hải Thắng thành một xã lấy tên là xã Hải Hưng, hợp nhất xã Hải Anh và xã Hải Hùng thành một xã lấy tên là xã Hải Anh.[6]

Ngày 1 tháng 4 năm 1986, thành lập thị trấn Yên Định, thị trấn huyện lỵ huyện Hải Hậu trên cơ sở 31,72 ha diện tích tự nhiên của xã Hải Bắc, 79,04 ha diện tích tự nhiên của xã Hải Hưng và 112,6 ha diện tích tự nhiên của xã Hải Phương.

Ngày 26 tháng 2 năm 1997, chuyển 6 xã: Trực Thái, Trực Phú, Trực Đại, Trực Hùng, Trực Cường về huyện Trực Ninh vừa tái lập; chuyển xã Hải Thịnh thành thị trấn Thịnh Long.

Ngày 10 tháng 12 năm 2014, thị trấn Thịnh Long được công nhận là đô thị loại IV.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Hải Toàn vào xã Hải An.[7]

Huyện Hải Hậu có 3 thị trấn và 31 xã như hiện nay.